El Museo Histórico Cultural Juan Santamaría fue creado mediante Ley de la República No. 5619, del 4 de diciembre de 1974, reformada por la Ley No. 6572 del 23 de abril de 1981.

El Museo lleva el nombre de “Juan Santamaría” en honor al Héroe Nacional, cuya gesta heroica se concreta el 11 de abril de 1856 en Rivas, Nicaragua. El 9 de abril de 1980, el Museo abre sus puertas al
turismo en Costa Rica. Este museo es el único en el país especializado en el tema de la Campaña Nacional de 1856-57 contra el invasor filibustero.
Se encuentra adscrito al Ministerio de Cultura, Juventud y Deportes. El Museo está regido por una Junta Administrativa, integrada por cinco miembros, que desempeñan sus funciones ad-honórem. La preside el representante del Ministerio de Cultura Juventud; los cuatro restantes son escogidos de ternas integradas por: el Gobierno local ( Municipalidad ), el Instituto de Alajuela, el Colegio Universitario de Alajuela y la Academia de Geografía e Historia de Costa Rica.
El Museo brinda servicios de Recuperación y Conservación del Patrimonio Histórico, Exposiciones Permanentes y Temporales, Servicios Educativos, de Promoción Cultural y Publicaciones.
El Museo Histórico Cultural Juan Santamaría se localiza en la ciudad de Alajuela, cuna del héroe nacional Juan Santamaría. El Museo tiene su sede en los edificios conocidos como “Antigua cárcel de Alajuela”, una edificación construida entre 1894 y 1895 y “Antiguo Cuartel de Armas de la ciudad de Alajuela, también edificado en el siglo XIX. Los dos edificios fueron declarados de interés histórico - patrimonial: Decreto No. 9951-C del 5 de marzo de 1979 y Decreto No.6358 del 9 de setiembre de 1976.