El
museo Nacional de Costa Rica se fundó el 4 de mayo de 1887, siendo presidente de la República don Bernardo Soto y Ministro de Fomento don Cleto González Víquez.

La definición de sus funciones se dan en 1888, las cuales se ampliaron en el decreto del 14 de agosto de 1917. Como institución el museo perteneció al Ministerio de Fomento, la Universidad de Costa Rica, luego se integró de nuevo al Ministerio de Educación Pública y finalmente en la década de 1970 pasó a formar parte del Ministerio de Cultura, Juventud y Deportes.
El Museo Nacional ha ocupado cuatro sedes diferentes a lo largo de su historia. De ellos, tres locales ya fueron demolidos. En la actualidad se ubica en el edificio que fuera el Cuartel Bellavista.
Este lugar es producto de una serie de transformaciones de la casa que construyó el naturalista alemán, Alexander Von Frantzius en 1870, y que en 1876 adquirió el educador costarricense don Mauro Fernández.
En la actualidad el museo nacional de Costa Rica cuenta con cuatro exhibiciones permanentes que están vinculadas a dos de sus principales áreas de investigación: la antropología y la historia. Y as exhibición temporal dan lugar a temas relacionados con proyectos de investigación y las colecciones del museo. Entre ellas el arte religioso, los insectos, la geología, las artes plásticas y otros. También son un espacio para las exhibiciones de otros países.
El museo cuenta con una gran variedad de colecciones, principalmente de las temáticas de antropología, historia nacional e historia natural. Estas colecciones dan vida a las exhibiciones permanentes y temporales del Museo Nacional. En ocasiones algunas piezas son prestadas a otros museos para su exhibición y también para exposiciones internacionales. Son la base de los proyectos de investigación a cargo de los científicos de la institución y se facilitan a estudiantes e investigadores para estudios especializados y publicaciones.
La investigación es una de las actividades más importantes del Museo Nacional. Desde su creación el museo impulsa proyectos en las áreas de historia natural, antropología e historia de Costa Rica.Entre los objetivos de las diferentes investigaciones se encuentra el aumentar cuantitativa y cualitativamente las colecciones existentes y fomentar el conocimiento del público en general a través de exhibiciones, charlas, conferencias, talleres, cursos y otras actividades educativas.